Trường THCS Hướng Thọ Phú được thành lập theo quyết định số 976/QĐ-UBND ngày 19 tháng 9 năm 1988 của Uỷ ban nhân dân Thị xã Tân An, tọa lạc tại ấp 3 xã Hướng Thọ Phú với khuôn viên rộng 3000m². Vào năm 2001 khi Bộ Giáo dục và Đào tạo có quyết định số 27/2001/QĐ-BGD&ĐT ngày 5/7/2001 về việc ban hành qui chế công nhận trường trung học đạt chuẩn quốc gia. Nhà trường được sự quan tâm đầu tư của các cấp quản lý giáo dục cùng với chính quyền địa phương đã xây dựng trường mới trên khuôn viên rộng 9031m² và đưa vào sử dụng kể từ tháng 3 năm 2003. Qua quá trình xây dựng và phát triển đến tháng 12/2009 nhà trường được UBND Tỉnh Long An công nhận trường đạt chuẩn Quốc gia giai đoạn 2001-2010.

Trong những năm qua trường THCS Hướng Thọ Phú từng bước nâng dần chất lượng và uy tín của trường. Xây dựng đội ngũ ngày càng vững vàng về chuyên môn nghiệp vụ; số lượng giáo viên giỏi, học sinh giỏi ngày càng tăng. Hàng năm đều có cán bộ, giáo viên được công nhận danh hiệu chiến sĩ thi đua cấp cơ sở, cấp tỉnh. Thực hiện tốt cuộc vận động “Hai không” với bốn nội dung; các cuộc vận động lớn của ngành; đẩy mạnh việc “Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh”; Phong trào “Xây dựng trường học thân thiện, học sinh tích cực”.

Đặc biệt, năm 2012 nhà trường được Sở GD&ĐT khen tặng tập thể thực hiện tốt cuộc vận động “Mỗi Thầy cô giáo là tấm gương đạo đức tự học và sáng tạo”; năm 2013 được Sở GD&ĐT khen tặng tập thể thực hiện tốt việc học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh”